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朱由校甚至可以想象得到，这个政策一出来，对于其他土司下面的“土目官”估计也有不小的诱惑力，到时候再有哪些土司造反，其手下投靠的的人估计会很多。
这两条是关于如何分化、治理水西的，可以说是朝廷能够更好统治水西的重要措施。
而下一条建议则是关于财税的，对于贵州来说更加重要。
朝廷在贵州有屯田和科田之分。所谓屯田，即军垦之田，向来是不征税；而科田为民田，需要课税的。而贵州田土中，屯田是最多的。
这主要是大明立国的时候，朝廷在贵州建立了十八卫，其后从开国以来，每逢土司叛乱，朝廷剪除叛逆、灭一土司打一屯寨，即建立府治或设州县，逐步扩大了贵州的版图。
但以往平定叛乱，很少去丈量废置土司的土地，导致虽然朝廷在贵州的统治不断加深，但钱粮却不见增长，相比较其他布政司，全省科田之粮最轻，既无册籍可稽，亦无亩数可考。
朱燮元建议双管齐下，一方面挟平叛大胜之势，在平叛后，对贵州名存实亡的民田进行清查，特别是水西、水东等地土司的田土要仔细清查，以获得赋税。
但这仅仅限于民田，至于屯田还是跟以前一样，因为驻贵州卫所的军官和士兵，都依靠屯田，一旦军屯课税，军心必乱，为了贵州的稳定和万世治安，沿用旧制，还是跟以前一样不用课赋税。
但屯田不用课税，并不意味着朝廷完全不管。因此他趁着平定水西的机会，在水西各地设置卫所，大力推行军屯。并且适度清理一下贵
