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并发挥了中国先哲的思想，并大兴格物之说解释万物——这本就是圣哲才能具备的能力。例如，格物学用三棱镜解释了光的组成，医学用显微镜解释了细菌致病的机理，都是今圣畅导格物之功。
反对者则说，皇帝三论之说，并未脱离先圣窠臼，所谓论实践，用孔子“学而时习之”就可以高度概括，不过是“知行相资以为用”；所谓论矛盾，无非是“新旧相除”的发展；只有大学摆证明的“论运动”，让时人的对“绝对运动”这一哲学命题有耳目一新之感——但比肩孔圣？还是等将皇帝盖棺论定之后再说吧。
在各地报纸上讨论这些的文章，一时间把读者们搞得头大。所谓“君子之德风，小人之德草，草上之风，必偃。”虽然皇帝畅导有教无类，但对于能在报纸上发表文章的“君子们”而言——我们在讨论哲学，你们闭嘴等着就行了。
但是申时行行动起来了，在圣驾即将抵达南京的时候，朝廷发出公文，要求各地所有学校和讲学之所必须悬挂皇帝像，并将皇帝的学说纳入必修课程。皇帝在日理万机的闲暇，也与申时行讨论一些历史唯物主义、辩证唯物主义，以及宇宙观、进化论等内容。
尽管只鳞片爪，但申时行领导着翰林院呢，自有大儒为皇帝辩经。他们将古往今来能与皇帝思想对应的古文翻找出来，表明皇帝思想源流上古并振隳发扬，言辞质朴而博大精深。因事关重大，朱翊钧很大一部分精力要放在这方面，称得上殚精竭虑。
另一方面，皇帝也下批示给皇家科学院，组建地理、考古和生物考察队等，满世界寻找能够论
