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和太祖时期的“郭桓案”非常类似，不过万历皇帝将刀尖对准了阻挠变法的乡绅而非贪腐官员而已。凡是知道郭桓案的官员，没有不害怕皇帝将刀尖转向的。
因此，这份劝谏皇帝的奏章中“皇上情愫至诚，为肃正纲纪，清正本源，天下臣民悉已知之。”这句话就体现出王锡爵的高水平。
在王锡爵奏章中签名的大臣，都明白这句话背后潜藏的意思，也都以谏的方式向皇帝表示了“输诚”。皇帝已经用“张文明遇刺案”向天下表明，在推行变法的事情上，宁可杀的人头滚滚，也没有一点后退和妥协的余地——这种方式的“统一思想”，也只有在皇权至上的大明朝，才有这般操作的可能。
朱翊钧览奏之后，在张居正的题本上签上“朕知道了”，然后明发，却将王锡爵的题本留中。
张居正的题本明发当日，满朝文武都知道，皇帝已经发出了妥协的信号，现在是大臣们把台阶给送到皇帝脚下的时候了。
十一月初二日，内阁次辅吕调阳和阁臣王国光、张四维在养心殿东暖阁请见，劝谏皇帝不再对“张文明遇刺案”扩大化，释放相应无关人员，并返还财产。
朱翊钧听了道：“据锦衣卫奏报，这些被逮问之家，或与董剑雄联络密切，或者互相串联，虽未有谋逆实迹，但若轻轻放过，妥当吗？”
吕调阳回奏道:“臣等以为，还是以实证究治为好。部分和董剑雄联络之家，并无谋刺的实证。固然有些攀咬的，不过是三木所求，供词荒唐且无法对证。以实证入罪，罪人当罪；以刑求入罪，难免冤狱。历代
