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导的后勤系方案做的面面俱到，心中甚喜。点评这一方案为“独出机杼”，给予了赏赐表彰。
解决了行军路线和后勤问题，还要解决水土不服和瘴疠伤人的问题。在这方面，京师医学院派上了大用处。
在医学进步方面，在医学院成立后，朱翊钧直接指明了多条研究路径。其一是研究微生物引发疾病的方向；其二是利用解剖学研究病理的方向；其三是讲卫生、消杀等护理学方向。
在疫情防控方面，首重微生物研究。而这一研究首先要有高透明度的玻璃磨制镜片来制作显微镜。
万历元年年底，候姓匠人发明吹筒法制作平板玻璃，曾获得朱翊钧亲笔题字并赏银二百两。这一事件，把大明玻璃匠人的积极性刺激到了不可思议的程度。
因为玻璃的生产制造不太需要其他产业的配套，因此在高额悬赏下发展的很快。
张鲸接到朱翊钧制造铅玻璃的任务后，先后发出悬赏计六千两白银，鼓励内府工匠进行玻璃的工艺创新；在万历二年上半年，他又成立了专门的实验室，来试验皇帝的各种想法。
短短三年，实验室把平板玻璃制取由吹筒法而改进到平板法；随后因为烧炭价格高昂，又改进了燃料，用煤来制取焦炭来烧制玻璃。
但焦炭烧制的玻璃一直有些发黑，这困扰了实验室的工匠们很长时间。按照皇帝的指示，也依据中华民族炼金术传统，工匠们试着往里面加了点铅——没好用。
直到有一天，某个自肥皂厂升职到皇家实验室的田姓工匠突发奇想，又往里面加了点草