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每科三十人。设于十三道御史之下。御史参核，必用锦衣卫稽查科查实证据，方能上报。
之三，改御史职责不清之旧规，各道御史均负责本道纠核、巡视事，不得越界。若收到其他道的线索或举报，准送左都御史，由其分派至该管的道核实调查。
之四，除左、右都御史外，共四名副左右都御史分管十三道，分管内容由左都御史决定。御史参奏报告，由副都御史签发才能成为奏章；这些人也要为奏章的正确性、真实性担责。
之五、右都御史独领监察道，监察都察院内部。各道御史若发现其他道或本道御史有违规行为的，可举报至右都御史。右都御史和监察道无权参与都察院其他事务。
之六、左都御史掌都察院，除右都御史外，对副都御史以下，有参劾之权。副都御使以下若被左都御史参劾，立罢。
之七，改御史必由三品以上高官举荐之旧规。从进士、待选之官中直选。都察院列出《大明律》、《宪纲总例》、《纠官邪规定》、《监官遵守条款》等十余本参考书，待选者通过法律考试，并经都察院副都御使以上集体面试即可担任御史。
此次都察院的兴革，现有台谏之官有喜有忧。一方面他们掌握了锦衣卫稽查科这一直属力量，在朝廷中地位一举超越各部，权力大增。
另一方面御史队伍的扩大和独立参劾权的丧失，降低了御史这一“清流华选”的含金量，断了他们以特殊地位谋私上进之途。综合而言，对都察院基层御史来说，锦衣卫的加入并未使他们感到兴奋，反而是独立性的丧失击中